Инициатором создания футбольного клуба «Краснодар» является российский бизнесмен Сергей Николаевич Галицкий. 

В начале  2008  года  ФК «Краснодар» успешно прошел  процедуру лицензирования в РФС. 22 февраля 2008 года начальнику команды Нурбию Хакунову в Москве в офисе ПФЛ была вручена лицензия на участие ФК «Краснодар» в соревнованиях профессиональных коллективов второго российского дивизиона. Этот день принято считать днем рождения клуба.

Для работы с командой был приглашен 38-летний московский специалист Владимир Волчек. Под его руководством «Краснодар», основу которого составляли молодые игроки, завершил первый круг Первенства России в зоне «Юг» второго дивизиона на 5-м месте, набрав 30 очков.

В августе руководство клуба решило расторгнуть контракт с Владимиром Волчеком. На тренерском мостике клуба его сменил тандем, состоящий из спортивного директора Сергея Вахрушева и начальника команды Нурбия Хакунова. Последний стал параллельно исполнять обязанности главного тренера ФК «Краснодар».

Во время летнего трансферного окна клуб укрепил состав несколькими футболистами, и под руководством обновленного тренерского штаба вышел на новый качественный уровень игры. Мощный финишный рывок (9 побед в 10-ти последних матчах) позволил «Краснодару» обойти волгоградскую «Олимпию» и завершить турнир на третьем месте.

Таким образом, в свой дебютный сезон команда завоевала свои первые в истории награды – бронзовые. Кроме того, ФК «Краснодар» разделил первое место по количеству очков, набранных на выезде (34), с победителем турнира в зоне «Юг» – астраханским «Волгарем-Газпромом».

В январе 2009 года ряд клубов отказался от участия в турнире первого дивизиона по финансовым причинам. ФК «Краснодар», как коллектив, занявший призовое место в одной из зон второго дивизиона, получил от ПФЛ предложение занять вакантное место и принял его. Клуб прошел аттестацию с первой попытки и был допущен к участию в соревнованиях в первом российском дивизионе.

В первом дивизионе молодой клуб не затерялся. По ходу сезона-2009 «горожане» демонстрировали содержательный футбол. Обыграв в последнем туре претендовавшую на выход в премьер-лигу владикавказскую «Аланию» со счетом 5:1, «Краснодар» замкнул первую десятку.

В декабре-2009 года на пост главного тренера ФК «Краснодар» был приглашен Сергей Ташуев. С приходом этого специалиста руководство клуба связывало надежды на продолжение прогресса команды и успешное выступление в сезоне-2010. По большей части эти надежды оправдались. «Краснодар» стал демонстрировать яркую, атакующую игру, много забивал, вышел на лидирующие позиции в дивизионе и завершил первый круг на втором месте.

Однако на второй части дистанции команда не смогла выдержать заданный темп.  Во многом это было связано с различными околофутбольными факторами, которые обернулись для «горожан» необъективным судейством в ряде ключевых матчей. В итоге команда завершила сезон на 5-м месте и вышла в 1/8 финала Кубка России, что с учетом всех обстоятельств было признано шагом вперед.

По окончании сезона клуб и Сергей Ташуев по обоюдному согласию расторгли действующий контракт. Специалист, в короткий срок сумевший поставить игру команды, уже по ходу сезона имел предложения из клубов российской премьер-лиги. «Краснодару» же нужен был главный тренер, который бы мог надолго связать с ним свою судьбу, и в течение нескольких лет выстраивать стратегию движения команды вперед. Понимая желание Ташуева продолжить работу на более высоком уровне, руководство ФК «Краснодар» не стало препятствовать ему в этом.

28 декабря 2010 года клуб обрел нового главного тренера, подписав контракт по схеме 1,5 + 1 год с сербским специалистом Славолюбом Муслином, ранее уже работавшим в России с клубами Премьер-лиги «Локомотив» (Москва) и «Химки».

25 января 2011 года на заседании РФПЛ было принято решение о том, что ФК «Краснодар» войдет в состав российской Премьер-лиги, заменив там подмосковный «Сатурн», добровольно отказавшийся от участия в соревнованиях из-за финансовых проблем.

6 марта 2011 года, обыграв в дополнительное время со счетом 1:0 на выезде пермский «Амкар», «Краснодар» вышел в 1/4  финала Кубка страны, став первым в истории клубом из кубанской столицы, дошедшим до этой стадии турнира.

2011/2012

Чемпионат России «Краснодар», чей состав в межсезонье обновился практически на две трети, начал с пятиматчевой беспроигрышной серии и даже некоторое время успел покрасоваться во главе турнирной таблице. Однако затем в кубковом поединке со столичным «Спартаком» серьезную травму получил капитан и столп обороны команды Александр Амисулашвили, и в его отсутствие «горожане» выглядели не столь убедительно, опустившись в нижнюю часть табели о рангах.

Характер «быков» проявился в июне, когда в течение 17-ти дней команде пришлось провести пять календарных игр. Набрав на этом напряженном участке дистанции 10 очков, «Краснодар» вышел на 9-е место, и данную позицию уже никому не уступил до самого окончания Чемпионата России в мае 2012 года. Причем неофициальный титул чемпиона группы «В» черно-зеленые обеспечили себе досрочно за 2 тура до финиша.

Особняком в сезоне-2011/2012 стоит победа, одержанная «горожанами» в первом в истории нестоличном дерби на уровне Премьер-лиги. 18 июня «Краснодар» при стечении 26-ти тысяч зрителей в выездном матче одолел со счетом 1:0 «Кубань». Автором единственного и победного мяча на 67-й минуте стал черногорский полузащитник «быков» Никола Дринчич. Свой результативный удар он нанес в тот момент, когда команда играла в меньшинстве.

Завершив первый этап «переходного» чемпионата на 9-м месте, «Краснодар» начал вторую, финальную часть турнира лидером. Достаточно уверенно пройдя весеннюю дистанцию, «горожане» досрочно, за 2 тура до финиша застолбили за собой верхнюю строчку во второй восьмерке. Общее 9-е место стало для молодой команды весьма достойным итогом дебютного сезона в элите отечественного футбола.

2012/2013

Чемпионат-2012/2013 черно-зеленые начали многообещающе, в стартовых 3-х турах одержав две яркие победы над казанским «Рубином» и столичным «Локомотивом». Однако затем наша дружина несколько забуксовала, и лишь спурт под занавес осенне-зимней части турнира позволил ей выправить турнирное положение. Надолго запомнится болельщикам волевая победа в дерби второго круга. Уступая «Кубани» со счетом 0:1, «быки» на 85-й минуте отыгрались усилиями Евгения Шипицина, а на 4-й минуте компенсированного времени Александр Мартынович склонил чашу весов в сторону нашей команды.

К промежуточному финишу сезона «Краснодар» подошел на 10-м месте, но с отрывом всего в 4 очка от 4-й позиции. Весной команда вплоть до предпоследнего, 29-го тура вела борьбу за попадание в еврокубковую зону, но проигрыш со счетом 1:0 столичному «Спартаку» поставил крест на честолюбивых надеждах «горожан» и их болельщиков. В итоге черно-зеленые замкнули десятку лучших, набрав на 4 очка больше, чем после 30 туров предыдущего чемпионата, забив на 7 мячей больше и пропустив на 4 меньше.

2013/2014

9 августа 2013 года, после 4-х туров Чемпионата России-2013/2014, в отставку был отправлен главный тренер команды Славолюб Муслин, под руководством которого команда перестала прогрессировать. 11 августа у руля «горожан» стал Олег Кононов, ранее работавший с белорусскими клубами «Торпедо» (Минск) и «Локомотив» (Минск), а также украинскими коллективами «Металлург» (Запорожье), «Карпаты» (Львов) и «Севастополь».

Игра команды заиграла новыми красками, черно-зеленые стали чувствовать себя увереннее в поединках с грандами и завершили чемпионат на высокой 5-й позиции, завоевав право в следующем сезоне дебютировать в Лиге Европы УЕФА. Кроме того команда впервые вышла в финал Кубка России, где встретилась с «Ростовом». Основное и дополнительное время победителя не выявили – 0:0, а в серии пенальти удачливей оказались ростовчане, которые и стали обладателями почётного трофея.

2014/2015

Дебют «Краснодара» на европейской арене в целом можно признать удачным. В квалификационных раундах Лиги Европы «быки» поочередно прошли эстонский «Силламяэ Калев», венгерский «Диошдьер» и достаточно именитый испанский «Реал Сосьедад». Барьер группового этапа черно-зеленым преодолеть не удалось, однако команда достойно сражалась с такими известными в Европе клубами, как английский «Эвертон», немецкий «Вольфсбург» и французский «Лилль».

По итогам сезна-2014/2015 «Краснодар» завоевал первые медали Чемпионата России – бронзовые, причем черно-зеленая команда набрала очков столько же, сколько и серебряный призер ЦСКА – 60, но уступила армейцам по общему количеству побед. Этот результат позволил «горожанам» второй год подряд сыграть в Лиге Европы УЕФА.

2015/2016

Сезон-2015/2016 стал лучшим для «быков» по суммарным показателям выступления во всех турнирах. В Чемпионате России команда заняла 4-е место, дающее право вновь стартовать в Еврокубках, при этом забила больше, чем когда либо раньше в Премьер-Лиге (54 мяча), пропустила – меньше, чем когда либо (25). а нападающий «Краснодара» Федор Смолов, забив 20 мячей, стал лучшим бомбардиром Чемпионата России. 

В розыгрыше Кубка России черно-зеленые дошли до полуфинала, а в Лиге Европы УЕФА сумели выйти в нокаут-стадию с первого места из группы, опередив такого грозного соперника, как дортмундская «Боруссия». Увы, дальше 1/16 финала «Краснодар» продвинуться по турнирной сетке не смог, уступив по сумме двух матчей пражской «Спарте».

2016/2017

«Краснодар» достаточно удачно начал новый сезон – команда в очередной раз уверенно преодолела квалификационный барьер Лиги Европы УЕФА, стартовала в Чемпионате России с двух крупных побед. Однако затем эпидемия травм начла одного за другим выводить из стоя ведущих игроков «горожан», и результаты пошли на спад. В начале сентября в отставку ушел главный тренер Олег Кононов, на его должность с приставкой «и. о.» был назначен его ассистент, известнейший в прошлом футболист Игорь Шалимов. После ряда успешных матчей, в числе которых были две победы на старте группового этапа Лиги Европы УЕФА – гостевая 1:0 над австрийским «Зальцбургом» и домашняя 5:2 над французской «Ницей» – приставка «и. о» с Шалимова была снята, и он подписал с клубом полноценный контракт.

В октябре-2016 товарищеским матчем национальных сборных России и Коста-Рики был открыт новый суперсовременный стадион ФК «Краснодар», вмещающий более 34-х тысяч зрителей. Черно-зеленые свою первую игру на новой арене провели 20 октября 2016 года, приняв в рамках Лиги Европы УЕФА немецкий «Шальке-04».

В Лиге Европы УЕФА «Краснодар» второй раз кряду «Краснодар» успешно прешел групповую стадию, затем в  1/16 финала по сумме двух матчей сломил сопротивление опытного еврокубкового бойца в лице турецкого клуба «Фенербахче», однако в 1/8 финала непреодолимым барьером для «быков» стала испанская «Сельта». Чемпионат России черно-зеленые завершили на 4-м месте, что снова, 4-й год подряд позволило им квалифицироваться в Лигу Европы УЕФА. Главным же разочарованием сезона-2016/2017 стало выступление в Кубке России, где «горожане» в 1/4 финала уступили «Уралу». По ходу первого тайма «Краснодар» на своей арене уверенно вел в счете 3:0, но позволил сопернику забить три мяча и отыграться. В самой концовке основного времени наша команда получила право на 11-метровый, однако Фёдор Смолов не смог его реализовать, не принесло удачи краснодарцам и дополнительное время, а в серии послематчевых пенальти счастливый билет вытащила дружина из Екатеринбурга.